隨著人們對環境微生物認識的不斷加深,在環境監測、治理,工、農業生產及健康評估、疾病診斷等領域,微生物的重要性正在不斷凸顯,對環境中微生物的種類與豐度進行定性、定量檢測也成了科學研究與實踐應用的基礎,并直接關系著科研結果的可信度與生產應用的可靠性。
高通量測序技術的快速發展使得目前對環境微生物的研究擺脫了對于微生物培養技術的依賴,但目前國內并沒有相對應的檢測標準出臺,復雜的環境微生物群落,不規范的檢測方法,也造成了檢測數據的混亂及結論、結果的矛盾。為了確保高通量測序技術的有序應用,深圳華大基因科技有限公司、深圳基因產學研資聯盟、中國測試技術研究院、深圳華大臨床檢驗中心在國家標準化管理委員會的主管下,起草編制了《環境微生物宏基因組檢測 高通量測序法》。
經過技術調研、咨詢、收集和消化有關資料,結合環境微生物宏基因組檢測方法及高通量測序技術的應用,編制組遵循統一性、協調性、適用性、一致性、規范性的原則,本著先進性、科學性、合理性和可操作性的原則,依據GB/T 1.1-2009《標準化工作導則 第1部分:標準的結構和編寫》給出的規則并參照了GB/T 20001.4—2015《標準編寫規則 第4部分:實驗方法標準》,在引用了GB/T 6682《分析試驗室用水規格和實驗方法》、GB 19489-2008《實驗室生物安全通用要求》、GB/T 19495.5-2004《轉基因產品檢測核酸定量 PCR檢測方法》、GB/T 30989-2014《高通量基因測序技術規程》、GB/T 35537-2017《高通量基因測序結果評價要求》等文件后,規定了基于高通量測序進行環境微生物宏基因組檢測的主要內容,包括樣品采集、保存和運輸,實驗室樣品接收與處理,微生物DNA樣品的制備,提取后DNA樣品判斷質量,后續文庫構建與高通量測序,數據質控要求,數據處理過程,結果與報告。
閱讀征求意見稿后可知,標準中所規定的檢測存在于環境樣本中微生物的方法原理是,先運用高通量測序技術對環境樣品中微生物的總體遺傳物質進行測序,然后通過測序結果與現有數據庫中序列的比對來檢測樣品中所含的微生物的種類和相對豐度。而該方法需要高通量測序儀、PCR儀、冷凍離心機、微量移液器、紫外分光光度計、電泳儀、凝膠成像系統、水浴鍋、低溫冰箱等設備。
相信本標準的建立和普及不僅能夠規范和統一高通量測序的環境微生物檢測技術流程,還能讓健康、環境、農業等涉及微生物檢測的各個行業有更統一和順暢的評估、交流語境,從而能為全民健康及工農業技術進步提供有力的保障和支持并促進科研及相關領域經濟的發展。
(責任編輯:金利儀器lyh)