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高效且穩(wěn)定的SAXS研究

時(shí)間:2021-11-19 10:22來(lái)源:金利儀器 作者:金利儀器 點(diǎn)擊:
用線(xiàn)準(zhǔn)直測(cè)量低濃度且易受輻射影響的生物樣品的小角X-射線(xiàn)散射 (SAXS) ,可以確保短的測(cè)量時(shí)間,并且得到滿(mǎn)足分析低分辨率的3D結(jié)構(gòu)的高超數(shù)據(jù)質(zhì)量。 生物樣品的SAXS SAXS 可以為生物樣品,如蛋白質(zhì)、RNA、DNA及其復(fù)合物等在近乎自然狀態(tài)的溶液條件下提供非常
  

用線(xiàn)準(zhǔn)直測(cè)量低濃度且易受輻射影響的生物樣品的小角X-射線(xiàn)散射 (SAXS) ,可以確保短的測(cè)量時(shí)間,并且得到滿(mǎn)足分析低分辨率的3D結(jié)構(gòu)的高超數(shù)據(jù)質(zhì)量。

 
生物樣品的SAXS
 
SAXS 可以為生物樣品,如蛋白質(zhì)、RNA、DNA及其復(fù)合物等在近乎自然狀態(tài)的溶液條件下提供非常有價(jià)值的結(jié)構(gòu)信息。但是,得到生物材料的高質(zhì)量SAXS數(shù)據(jù)是非常復(fù)雜的,這是由于低樣品濃度使得散射曲線(xiàn)信噪比低,并且樣品穩(wěn)定性低。
 
線(xiàn)準(zhǔn)直提供了克服這些挑戰(zhàn)的獨(dú)特優(yōu)勢(shì):
 
相比較于點(diǎn)準(zhǔn)直,提高了信噪比
 
良好的樣品穩(wěn)定性(沒(méi)有輻射損害所致的樣品變性)
 
高分辨率(例如,更小的散射矢量)及高通量以確保測(cè)量時(shí)間短
 
為了數(shù)據(jù)解析和結(jié)構(gòu)研究,使用標(biāo)準(zhǔn)程序?qū)(xiàn)模糊化的SAXS數(shù)據(jù)進(jìn)行評(píng)估。
 
實(shí)驗(yàn)和結(jié)果
 
在這個(gè)研究中,將實(shí)驗(yàn)室SAXS儀器線(xiàn)準(zhǔn)直(封閉靶SAXSpace系統(tǒng))與點(diǎn)準(zhǔn)直(旋轉(zhuǎn)陽(yáng)極靶系統(tǒng))測(cè)量的lysozyme蛋白溶液(5 mg/ml)的散射曲線(xiàn)進(jìn)行比較。兩個(gè)實(shí)驗(yàn)的曝光時(shí)間和qmin是一樣的。
 
線(xiàn)準(zhǔn)直測(cè)得的數(shù)據(jù)消模糊后的1D散射曲線(xiàn)和對(duì)距離分布函數(shù)p(r)與點(diǎn)準(zhǔn)直得到的完全相符(圖1)。
 
使用GIFT1程序中IFT運(yùn)算法則。
 
消模糊后的數(shù)據(jù)使用DAMMIF2程序,進(jìn)行低分辨率模型的重建。如圖2所示,晶體結(jié)構(gòu)(PDB132I)顯然與低分辨率的輪廓相符合。
 
更進(jìn)一步的SAXS數(shù)據(jù)在100 kDa 人類(lèi)核轉(zhuǎn)運(yùn)受體transportin-1蛋白濃度為8 mg/ml下記錄。如觀(guān)察到的lysozyme,DAMMIF程序由線(xiàn)準(zhǔn)直下測(cè)得的散射數(shù)據(jù)得到的低分辨率模型與晶體結(jié)構(gòu)(PDB 4FDD)完全一致。這表明,使用線(xiàn)準(zhǔn)直的得到的SAXS數(shù)據(jù)很好地適合于研究溶液中的生物樣品。
 
 
 
(責(zé)任編輯:金利儀器lyh)
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